Awal mula berdirinya MI Miftahul Ulum Kalirejo tidak ubahnya seperti lembaga-lembaga pendidikan pada umumnya. Meski bukan lembaga pendidikan yang dananya selalu disubsidi oleh pemerintah, lambat laun sekolah ini menjadi pilihan favorit masyarakat Gondangwetan.
Sebelumnya mayoritas warga Desa Kalirejo memasukkan anaknya yang umur 6 sampai 7 tahun Ke SDN kalirejo, padahal kami berada di lingkungan pesantren dan juga memiliki lembaga pendidikan RA dibawah naungan yayasan Al-murtadho Tampung . Akhirnya pada Juli 2011 MI Miftahul Ulum Kalirejo yang berlokasi di Desa Kalirejo yang dulunya hanya satu kelas (sekitar 15 anak), Alhamdulillah saat ini mencapai 120 siswa, Pada awal berdirinya MI Miftahul Ulum Kalirejo jumlah guru sebanyak 3 orang. Di samping itu juga, alhamdulillah saat ini guru MI Miftahul Ulum Kalirejo sebanyak 12 orang yang memiliki semangat jiwa โ jiwa muda dan jumlah santri satiap tahun selalu mengalami peningkatan.
Pada tahun 2011 tahun berdiri hingga keluar ijin operasional dari kemenag pada tahun 2013, dan alhamdulillah mulai tahun 2015 hingga sekarang lembaga kami basih dipercaya menjadi induk KKM kecamatan di Gondangwetan. Ini menjadi nilai lebih bagi kami untuk lebih memajukan lembaga.